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python – 如何从第二行开始使用readline()?

5b51 2022/1/14 8:21:59 python 字数 2273 阅读 511 来源 www.jb51.cc/python

我正在用Python编写一个简短的程序来读取FASTA文件,该文件通常采用以下格式:>gi|253795547|ref|NC_012960.1| Candidatus Hodgkinia cicadicola Dsem chromosome, 52 lines GACGGCTTGTTTGCGTGCGACGAGTTTAGGATTGCTCTTTTGCTAA

概述

我正在用Python编写一个简短的程序来读取FASTA文件,该文件通常采用以下格式:

>gi|253795547|ref|NC_012960.1| Candidatus Hodgkinia cicadicola Dsem chromosome,52 lines
GACGGCTTGTTTGCGTGCGACGAGTTTAGGATTGCTCTTTTGCTAAGCTTGGGGGTTGCGCCCAAAGTGA
TTAGATTTTCCGACAGCGTACGGCGCGCGCTGCTGAACGTGGCCACTGAGCTTACACCTCATTTCAGCGC
TCGCTTGCTGGCGAAGCTGGCAGCAGCTTGTTAATGCTAGTGTTGGGCTCGCCGAAAGCTGGCAGGTCGA

我已经创建了另一个程序来读取这个FASTA文件的第一行(又名标题),现在我希望第二个程序从序列开始读取和打印.

我该怎么办?

到目前为止我有这个:

FASTA = open("test.txt","r")

def readSeq(FASTA):
    """returns the DNA sequence of a FASTA file"""
    for line in FASTA:
        line = line.strip()
        print line          


readSeq(FASTA)

多谢你们

-菜鸟

def readSeq(FASTA):
    """returns the DNA sequence of a FASTA file"""
    _unused = FASTA.next() # skip heading record
    for line in FASTA:
        line = line.strip()
        print line  

阅读the docs on file.next()以了解为什么你应该警惕将file.readline()与for file in file混合:

总结

以上是编程之家为你收集整理的python – 如何从第二行开始使用readline()?全部内容,希望文章能够帮你解决python – 如何从第二行开始使用readline()?所遇到的程序开发问题。


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