您需要像这样读取它们的压缩文件：
awk '{ ... }' <(gzip -dc input1.vcf.gz) <(gzip -dc input2.vcf.gz)
尝试这个：
awk 'FNR==NR { sub(/AA=\.;/,""); array[$1,$2]=$8; next } ($1,$2) in array { print $0 ";" array[$1,$2] }' <(gzip -dc input1.vcf.gz) <(gzip -dc input2.vcf.gz) | gzip > output.vcf.gz
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