原因是JGit错误。JGit不支持.gitattributes。我有ident我的.gitattributes。平原控制台git签出的来源，适用ident于$Id$宏，但随后JGit忽略了，看到没被提交的，那里居然没有一个差异。
SonarQube邮件列表上的友好人员帮助了我，并建议使用独立的JGit命令行分发进行调试：
chmod +x /where/is/org.eclipse.jgit.pgm-<version>-r.sh
/where/is/org.eclipse.jgit.pgm-<version>-r.sh blame -w /path/to/offending/file
这个特定的JGit错误5年没有解决，我也不希望很快解决，因此我$Id$从所有来源中删除了这些宏。
find */src -name "*.java" | xargs -n 1 sed -i '/$Id.*$/d'
find */src -name "*.java" | xargs git add
git commit -m "Remove $Id$ macros"
git push
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