不要卸载系统的Python解释器（很可能是Python 2.7）。您可能考虑卸载其他版本（最有可能是Python 3.5），但我认为您并不需要这样做（保留系统级的Python 3解释器可能不是一个坏主意……谁知道！）。
如果您想要一个干净的状态，我建议您现在就使用虚拟环境。您有两种选择：
另外，您说您感觉到MATLAB在绘制数百万个点方面效率低下。我不知道您的实际需求/约束，但是我发现Matplotlib在绘制大数据和/或实时数据方面效率很低。
只是建议，请考虑使用PyQtGraph。如果您仍然觉得速度不够快，请考虑使用VisPy（目前功能/便利性可能较低，但效率更高）。
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清零编程群