您可以使用来实现DDLEvents。这样，您可以在运行后立即运行其他sql语句CREATE TABLE。查看链接中的示例，但我想您的代码将类似于以下内容：
from sqlalchemy import event
from sqlalchemy import DDL
event.listen(
Article.__table__,
"after_create",
DDL("ALTER TABLE %(table)s AUTO_INCREMENT = 1001;")
)
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