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可以memmap pandas系列。数据框呢?

可以memmap pandas系列。数据框呢?

好…经过大量挖掘,这是怎么回事。PandasDataFrame使用BlockManager该类在内部组织数据。与文档相反,DataFrame不是系列的集合,而是类似dtyped矩阵的集合 。Blockmanger将所有float列组合在一起,将所有int列组合在一起,等等…,并且它们的内存(据我所知)保持在一起。

如果提供单个ndarray矩阵(单个类型),则无需复制内存即可做到这一点。请注意,BlockManager(理论上)还支持在其构造中不复制混合类型数据,因为可能不必将此输入复制到相同类型的块中。但是,如果单个矩阵是数据参数,则DataFrame构造函数不会仅进行复制。

简而言之,如果您将混合类型或多个数组作为构造函数的输入,或者为dict提供单个数组,则您在Pandas中不走运,DataFrame的认BlockManager将复制您的数据。

无论如何,解决此问题的一种方法是强制BlockManager不要按类型合并,而是将每列保留为单独的“块”。所以,有了猴子修补魔法…

        from pandas.core.internals import BlockManager
        class BlockManagerUnconsolidated(BlockManager):
            def __init__(self, *args, **kwargs):
                BlockManager.__init__(self, *args, **kwargs)
                self._is_consolidated = False
                self._kNown_consolidated = False

            def _consolidate_inplace(self): pass
            def _consolidate(self): return self.blocks


        def df_from_arrays(arrays, columns, index):
            from pandas.core.internals import make_block
            def gen():
                _len = None
                p = 0
                for a in arrays:
                    if _len is None:
                        _len = len(a)
                        assert len(index) == _len
                    assert _len == len(a)
                    yield make_block(values=a.reshape((1,_len)), placement=(p,))
                    p+=1

            blocks = tuple(gen())
            mgr = BlockManagerUnconsolidated(blocks=blocks, axes=[columns, index])
            return pd.DataFrame(mgr, copy=False)

如果指定copy = False,则DataFrame或Blockmanger最好具有consolidate = False(或假设有此行为)。

去测试:

    def assert_readonly(iloc):
       try:
           iloc[0] = 999 # Should be non-editable
           raise Exception("MUST BE READ ONLY (1)")
       except ValueError as e:
           assert "read-only" in e.message

    # Original ndarray
    n = 1000
    _arr = np.arange(0,1000, dtype=float)

    # Convert it to a memmap
    mm = np.memmap(filename, mode='w+', shape=_arr.shape, dtype=_arr.dtype)
    mm[:] = _arr[:]
    del _arr
    mm.flush()
    mm.flags['WRITEABLE'] = False  # Make immutable!

        df = df_from_arrays(
            [mm, mm, mm],
            columns=['a', 'b', 'c'],
            index=range(len(mm)))
        assert_read_only(df["a"].iloc)
        assert_read_only(df["b"].iloc)
        assert_read_only(df["c"].iloc)

对于我来说,将BlockManager类似类型的数据保存在一起是否真的有实际的好处-在Pandas中的大多数操作都是按行标签或逐列进行操作- 这是DataFrame由于结构的异构通常仅通过其索引关联的列。尽管可行的是,他们在每个“块”中保留一个索引,但是如果索引在块中保留偏移量,则可以从中受益(如果是这种情况,那么他们应该按进行分组sizeof(dtype),我认为情况并非如此)。呵呵…

关于提供非复制构造函数的PR进行一些讨论,但被放弃了。

看来有逐步淘汰BlockManager的明智计划,因此您的工作量很多。

另请参阅引擎盖下的熊猫,这对我很有帮助。

其他 2022/1/1 18:38:20 有479人围观

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