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使用Python对DNA链进行反向互补

使用Python对DNA链进行反向互补

get如果键不在词典中,则词典的方法允许您指定认值。作为预处理步骤,我会将所有非“ ATGC”碱基映射为单个字母(或标点符号或数字或序列中不会显示的任何内容),然后反转序列,然后将单个字母替换为原始字母。另外,您可以先将其反转,然后搜索并替换sniins

alt_map = {'ins':'0'}
complement = {'A': 'T', 'C': 'G', 'G': 'C', 'T': 'A'}

def reverse_complement(seq):    
    for k,v in alt_map.iteritems():
        seq = seq.replace(k,v)
    bases = list(seq) 
    bases = reversed([complement.get(base,base) for base in bases])
    bases = ''.join(bases)
    for k,v in alt_map.iteritems():
        bases = bases.replace(v,k)
    return bases

>>> seq = "TCGGinsGCCC"
>>> print "Reverse Complement:"
>>> print(reverse_complement(seq))
GGGCinsCCGA
python 2022/1/1 18:40:06 有476人围观

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