这个问题已经解决。
这不是因为安装了PyDDE。
实际原因是Scipy的安装需要40MB以上的内存，而默认的EC2实例t1.micro没有足够的内存来安装它。可以通过使用更大的EC2实例来解决。我最终选择了t2.medium。
另外，要安装Pandas，还需要gcc。我使用以下命令修改了.ebextensions\[env_name].config文件：（我使用的是python2.7，来自：[elasticbeanstalk gcc和python-devel安装
packages:
yum:
git: []
gcc-c++: []
python27-devel: []
602392714
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